{"id":24,"date":"2024-06-13T19:44:42","date_gmt":"2024-06-13T22:44:42","guid":{"rendered":"http:\/\/localhost\/wordpress\/?page_id=24"},"modified":"2025-03-06T15:25:58","modified_gmt":"2025-03-06T18:25:58","slug":"g2","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www3.astro.puc.cl\/geryon\/g2\/","title":{"rendered":"Cl\u00faster de c\u00f3mputo Geryon 2"},"content":{"rendered":"\t\t<div data-elementor-type=\"wp-page\" data-elementor-id=\"24\" class=\"elementor elementor-24\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-2b37e531 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"2b37e531\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1d7b059b elementor-widget elementor-widget-html\" data-id=\"1d7b059b\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"html.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<!DOCTYPE html>\r\n<html lang=\"es\">\r\n  <head>\r\n    <meta charset=\"UTF-8\" \/>\r\n    <meta\r\n      name=\"viewport\"\r\n      content=\"width=device-width, user-scalable=no, initial-scale=1.0, maximum-scale=1.0, minimum-scale=1.0\"\r\n    \/>\r\n    <meta http-equiv=\"X-UA-Compatible\" content=\"ie=edge\" \/>\r\n    <link\r\n      rel=\"icon\"\r\n      type=\"image\/png\"\r\n      href=\"https:\/\/web-uc-prod.s3.amazonaws.com\/uc-cl\/dist\/images\/favicon.png\"\r\n    \/>\r\n    <link\r\n      rel=\"stylesheet\"\r\n      href=\"https:\/\/kit-digital-uc-prod.s3.amazonaws.com\/uc-kitdigital\/css\/uc-kitdigital.css\"\r\n    \/>\r\n    <script src=\"https:\/\/kit-digital-uc-prod.s3.amazonaws.com\/uc-kitdigital\/js\/uc-kitdigital.js\"><\/script>\r\n\r\n    <title>Kit Digital UC<\/title>\r\n<header class=\"uc-header\">\r\n  <div id=\"uc-global-topbar\"><\/div>\r\n  <nav class=\"uc-navbar\">\r\n    <!-- Men\u00fa para versi\u00f3n Escritorio -->\r\n    <div class=\"container d-none d-lg-block\">\r\n      <div class=\"row\">\r\n        <div class=\"col-lg-3 col-xl-2\">\r\n          <img decoding=\"async\"\r\n            src=\"https:\/\/kit-digital-uc-prod.s3.amazonaws.com\/assets\/logo-uc-azul.svg\"\r\n            alt=\"Pontificia Universidad Cat\u00f3lica de Chile\"\r\n            class=\"img-fluid\"\r\n          \/>\r\n        <\/div>\r\n        <div class=\"col-lg-8 col-xl-9 pl-60\">\r\n          <div class=\"h2 text-font--serif text-color--blue mt-24\">Geryon@IA<\/div>\r\n          <div class=\"text-color--gray p-size--lg\">\r\n            Cl\u00fasteres de alto rendimiento\r\n          <\/div>\r\n        <\/div>\r\n      <\/div>\r\n      <ul class=\"uc-navbar_nav\">\r\n        <li class=\"nav-item\">\r\n          <a href=\".\/bienvenido\" class=\"uc-btn btn-inline\">Bienvenido<\/a>\r\n        <\/li>\r\n        <li class=\"nav-item\">\r\n          <a href=\".\/g2\" class=\"uc-btn btn-inline\">Geryon 2<\/a>\r\n        <\/li>\r\n        <li class=\"nav-item\">\r\n          <a href=\".\/g3\" class=\"uc-btn btn-inline\">Geryon 3<\/a>\r\n        <\/li>\r\n      <\/ul>\r\n    <\/div>\r\n    <!-- Men\u00fa para versi\u00f3n M\u00f3vil -->\r\n    <div class=\"uc-navbar_mobile d-block d-lg-none\">\r\n      <div class=\"uc-navbar_mobile-bar navbar-brand\">\r\n        <div class=\"uc-navbar_mobile-logo navbar-light\">\r\n          <div class=\"h2 text-font--serif text-color--blue\">Geryon@IA<\/div>\r\n        <\/div>\r\n        <a\r\n          href=\"javascript:void(0);\"\r\n          class=\"uc-navbar_mobile-button\"\r\n          data-collapse=\"collapseMobileNav3\"\r\n        >\r\n          <span class=\"uc-icon\"><\/span>\r\n          Men\u00fa\r\n        <\/a>\r\n      <\/div>\r\n      <div\r\n        class=\"uc-navbar_mobile-content\"\r\n        data-toggle=\"collapseMobileNav3\"\r\n        data-open=\"false\"\r\n        style=\"height: 0\"\r\n      >\r\n        <div class=\"uc-navbar_mobile-list\">\r\n          <a href=\".\/bienvenido\" class=\"list-item\">Bienvenido<\/a>\r\n          <a href=\".\/g2\" class=\"list-item\">Geryon 2<\/a>\r\n          <a href=\".\/g3\" class=\"list-item\">Geryon 3<\/a>\r\n        <\/div>\r\n      <\/div>\r\n    <\/div>\r\n  <\/nav>\r\n<\/header>\r\n<body>\r\n<\/body>\r\n<script src=\"https:\/\/kit-digital-uc-prod.s3.amazonaws.com\/uc-kitdigital\/js\/uc-kitdigital.js\"><\/script>\r\n<script src=\"https:\/\/kit-digital-uc-prod.s3.amazonaws.com\/uc-kitdigital\/js\/uc-kitdigital.js\"><\/script>\r\n\r\n<\/html>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-9fcbe2c e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"9fcbe2c\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-44c93c0 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"44c93c0\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<style>\/*! elementor - v3.22.0 - 24-06-2024 *\/\n.elementor-widget-text-editor.elementor-drop-cap-view-stacked .elementor-drop-cap{background-color:#69727d;color:#fff}.elementor-widget-text-editor.elementor-drop-cap-view-framed .elementor-drop-cap{color:#69727d;border:3px solid;background-color:transparent}.elementor-widget-text-editor:not(.elementor-drop-cap-view-default) .elementor-drop-cap{margin-top:8px}.elementor-widget-text-editor:not(.elementor-drop-cap-view-default) .elementor-drop-cap-letter{width:1em;height:1em}.elementor-widget-text-editor .elementor-drop-cap{float:left;text-align:center;line-height:1;font-size:50px}.elementor-widget-text-editor .elementor-drop-cap-letter{display:inline-block}<\/style>\t\t\t\t<h1>Cl\u00faster de c\u00f3mputo Geryon 2<\/h1>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-0990f9e e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"0990f9e\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-dd8af40 e-con-full e-flex e-con e-child\" data-id=\"dd8af40\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-04389e5 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"04389e5\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>El supercomputador de Geryon 2 se compone de 15 nodos marca HPE. 14 de \u00e9stos tienen 40 n\u00facleos y 320 GB de memoria cada uno, mientras que el \u00faltimo nodo es de 32 n\u00facleos y 512 GB de memoria.<\/p><p>Adem\u00e1s, existe una colaboraci\u00f3n con el instituto de Astrof\u00edsica de la Universidad Cat\u00f3lica para integrar 5 nodos adicionales de 56 n\u00facleos y\u00a0 512 GB de memoria. Estos nodos se manejan de manera din\u00e1mica de acuerdo con la demanda de los usuarios y la carga del cl\u00faster.<\/p><p>En total, Geryon 2 cuenta con una capacidad m\u00e1xima de 872 n\u00facleos y 6140 GB de memoria, con una capacidad de c\u00f3mputo te\u00f3rica total de 15,26 TFlops.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-f668064 e-con-full e-flex e-con e-child\" data-id=\"f668064\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-c915803 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"c915803\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<style>\/*! elementor - v3.22.0 - 24-06-2024 *\/\n.elementor-widget-image{text-align:center}.elementor-widget-image a{display:inline-block}.elementor-widget-image a img[src$=\".svg\"]{width:48px}.elementor-widget-image img{vertical-align:middle;display:inline-block}<\/style>\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www3.astro.puc.cl\/geryon\/wp-content\/uploads\/2024\/06\/20240617_152658-scaled.jpg\" title=\"\" alt=\"\" loading=\"lazy\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">Nodos de Geryon 2<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ee12263 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"ee12263\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7d24652 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"7d24652\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Para el almacenamiento, Geryon 2 cuenta con un servidor de datos exclusivo con discos SAS en configuraci\u00f3n RAID-6 de capacidad 142 TB, dos servidores FAST-SAS de 19 TB cada uno y un servidor com\u00fan con unidades SATA de 95 TB, todos en configuraci\u00f3n RAID-6. En total, Geryon 2 cuenta con 275 GB de almacenamiento.<\/p><p>A nivel de sistema, Geryon 2 opera con sistema Linux CentOS 7 y la administraci\u00f3n de jobs se realiza mediante el sistema <i>Maui Cluster Scheduler<\/i> y <i>Distributed Resource Management<\/i> (<i>DRM<\/i>) <i>software <\/i>(<i>TORQUE<\/i>).<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-65fafe2 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"65fafe2\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-4482db7 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"4482db7\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h1>Reglas de uso<\/h1><p>Geryon 2 es un cl\u00faster destinado al desarrollo de proyectos computacionales del \u00e1rea de astronom\u00eda, investigaci\u00f3n y comercial. Los recursos son limitados y su demanda elevada, por lo que se ha establecido las siguientes reglas de uso para un uso sano de los usuarios:<\/p><ul><li>Es obligatorio indicar en publicaciones los agradecimientos al uso del cl\u00faster cuando \u00e9ste haya sido utilizado en el proceso.<\/li><li>Las interfaces gr\u00e1ficas no est\u00e1n permitidas. Esto incluye herramientas como <em>jupyter-notebook<\/em>.<\/li><li>El servidor front-end no debe utilizarse para procesamiento intensivo, pero si pueden realizarse tareas de bajo consumo de CPU como edici\u00f3n o transferencia de archivos, compilaci\u00f3n de c\u00f3digos o comandos del sistema de colas.<\/li><li>Est\u00e1 estrictamente prohibido ejecutar c\u00f3digo directamente en los nodos, evitando el sistema de colas.<\/li><li>El usuario requiere de conocimientos b\u00e1sicos de BASH y sistema de colas. De ser necesario, se puede solicitar una inducci\u00f3n al equipo de Geryon 2.<\/li><\/ul>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-99b2dad e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"99b2dad\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-dafb068 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"dafb068\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Restricciones de jobs<\/h2><div><ul><li>El m\u00e1ximo de n\u00facleos permitidos son 120 en total. La distribuci\u00f3n de estos n\u00facleos queda a los requerimientos del usuario.<\/li><li>La duraci\u00f3n de los jobs no puede ser superior a 7 d\u00edas (168n horas).<\/li><li>Si se requiere de mayor cantidad de n\u00facleos o duraci\u00f3n m\u00e1s extensa, \u00e9sta debe ser solicitada v\u00eda ticket al equipo de Geryon 2.<\/li><li>No est\u00e1 permitido utilizar jobs para mantener recursos &#8220;reservados&#8221; o bloqueados.<\/li><li>No est\u00e1 permitido utilizar el modo interactivo de jobs para ejecutar por un tiempo superior a 1 hora.<\/li><\/ul><\/div>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-248940c e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"248940c\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-621cc74 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"621cc74\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Reglas de almacenamiento<\/h2><div><ul><li>Todo almacenamiento en el cl\u00faster debe estar destinado a c\u00f3mputo. Se asumir\u00e1 que los datos de usuarios inactivos con m\u00e1s de 1 a\u00f1o de antig\u00fcedad pueden ser eliminados.<\/li><li>Es responsabilidad del usuario limpiar peri\u00f3dicamente sus directorios.<\/li><li>El almacenamiento m\u00e1ximo permitido en el directorio <em>\/home<\/em> es de 100 GB destinado a c\u00f3digos y datos cr\u00edticos. Este almacenamiento no es posible extenderlo.<\/li><li>\u00a0Para almacenamiento de mayores vol\u00famenes, se puede solicitar un directorio en los servidores de datos, mientras que para procesos m\u00e1s intensivos de lectura\/escritura, se puede solicitar el uso de las unidades <em>fast-sas<\/em>.<\/li><\/ul><\/div>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1762a38 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"1762a38\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-97cf9dc elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"97cf9dc\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h1>Uso b\u00e1sico del cl\u00faster<\/h1><p>El env\u00edo de jobs en Geryon 2 es administrado por <em>TORQUE resource manager<\/em>, el que est\u00e1 basado en <em>PBS<\/em>. <em>Maui Cluster Scheduler<\/em> se integra con <em>TORQUE<\/em> para mejorar la administraci\u00f3n y eficiencia de asignaci\u00f3n de recursos del scheduler.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-696343b e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"696343b\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7ae2ca2 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"7ae2ca2\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Comandos b\u00e1sicos<\/h2><ul><li><em>showq<\/em>: Muestra los jobs activos y en espera de todos los usuarios en el sistema de colas.<\/li><li><em>pbsnodes<\/em>: Muestra el estado y la asignaci\u00f3n de recursos de los jobs del usuario para todos los nodos.<\/li><li><em>qsub<\/em>: Env\u00eda un job al sistema de colas.<\/li><li><em>qstat<\/em>: Muestra el estado del job indicado.<\/li><li><em>qdel<\/em>: Finaliza un job inmediatamente.<\/li><\/ul>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-f63f4c6 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"f63f4c6\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-6551d0a elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"6551d0a\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Env\u00edo de jobs<\/h2><p>Para enviar un job al sistema de colas, se puede utilizar el comando <em>qsub<\/em> de dos maneras: indicando todos los par\u00e1metros con las <em>flags<\/em> correspondientes o preparando un archivo de env\u00edo. En general se utiliza un archivo de configuraci\u00f3n, ya que es m\u00e1s f\u00e1cil de manejar. \u00c9ste se compone de dos secciones: comandos de PBS y ejecuci\u00f3n del script.<\/p><p>En la secci\u00f3n de comandos de PBS, cada l\u00ednea comienza con &#8220;# PBS &#8221; y a continuaci\u00f3n se indica el comando. Una lista de \u00e9stos son:<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-be801b4 e-grid e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"be801b4\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-a8a6dca elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"a8a6dca\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -N jobname<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-86905ba elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"86905ba\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Indica un nombre para el job.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-d1e41f5 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"d1e41f5\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -l select=3:ppn=40<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-fe7ca75 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"fe7ca75\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Cantidad de nodos (select) y de n\u00facleos por nodo (ppn) solicitados para la ejecuci\u00f3n del job.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-77d5e0b elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"77d5e0b\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -l walltime=168:00:00<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-de0cb2a elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"de0cb2a\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>M\u00e1ximo tiempo que el job estar\u00e1 en ejecuci\u00f3n, debe indicarse en formato <em>hh:mm:ss<\/em>.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-18eb9f6 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"18eb9f6\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -q queuename<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-6be5bb5 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"6be5bb5\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Cola requerida para ejecutar el job. Se recomienda no utilizar este comando para que se asigne la cola por defecto.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-84882fe elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"84882fe\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -o mypath\/job.out<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-0fa429c elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"0fa429c\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Cambia el destino del archivo <i>output <\/i>de ejecuci\u00f3n.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-f49350f elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"f49350f\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -o mypath\/job.err<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-6230513 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"6230513\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Cambia el destino del archivo <i>error <\/i>de ejecuci\u00f3n.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-3ba2675 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"3ba2675\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -j eo<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-bcee45c elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"bcee45c\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Opci\u00f3n que entrega un archivo en lugar de <em>output<\/em> y <em>error<\/em> separados.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-34811d6 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"34811d6\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -M mail-address<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-61c4b9d elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"61c4b9d\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Indica un correo para recibir notificaciones de cambio de estado del job.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-9d46439 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"9d46439\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -m abe<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-123aadd elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"123aadd\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Indica qu\u00e9 eventos deben ser notificados por correo. Considerar si el job aborta (a), si el job comienza (b), si el job termina (e) o todas las anteriores (abe).<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-6fe9e5c elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"6fe9e5c\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -S \/bin\/bash<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-72ee941 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"72ee941\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Indica qu\u00e9 consola de comandos utilizar. Se recomienda agregar siempre este comando.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-9512d31 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"9512d31\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p># PBS -V\u00a0<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-4dbed55 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"4dbed55\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>Exporta todas las variables de entorno definidas al job.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-a9f0f91 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"a9f0f91\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7d1940d e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"7d1940d\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-2870a4f elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"2870a4f\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>En la secci\u00f3n de ejecuci\u00f3n de script, se debe indicar los comandos a ejecutar por el usuario.\u00a0<\/p><p>Un ejemplo de todo esto adecuado para Geryon 2 ser\u00eda:<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-b47e4fc e-con-full e-flex e-con e-parent\" data-id=\"b47e4fc\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-067a333 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"067a333\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p>#PBS -S \/bin\/bash<br \/>#PBS -V<br \/>#PBS -N submit_for_geryon2<br \/>#PBS -j eo<br \/>#PBS -l select=3:ppn=40<br \/>#PBS -l walltime=168:00:00<br \/>#################################<br \/><span style=\"background-color: var(--ast-global-color-5); color: var( --e-global-color-text ); font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; font-style: inherit; font-weight: inherit; text-align: var(--text-align);\">### Run:<br \/><\/span><span style=\"font-style: inherit; font-weight: inherit; color: var( --e-global-color-text ); font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; text-align: var(--text-align); background-color: var(--ast-global-color-5);\">module load openmpi-4.1.4_no-mellanox<br \/><\/span><span style=\"font-style: inherit; font-weight: inherit; color: var( --e-global-color-text ); font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; text-align: var(--text-align); background-color: var(--ast-global-color-5);\">mpirun -np 120 python3 mpi_script.py<br \/><\/span><span style=\"font-style: inherit; font-weight: inherit; color: var( --e-global-color-text ); font-family: var( --e-global-typography-text-font-family ), Sans-serif; text-align: var(--text-align); background-color: var(--ast-global-color-5);\">echo &#8220;done&#8221;<\/span><\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ee6e1aa e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"ee6e1aa\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-dce3857 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"dce3857\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Librer\u00edas y M\u00f3dulos<\/h2><p><em>&#8220;<\/em>Geryon 2 utiliza el sistema de m\u00f3dulos para organizar y clasificar sus librer\u00edas, lo que permite configurar varias versiones y propiedades de la misma librer\u00eda sin que esto altere al uso de otros usuarios o al sistema.<\/p><p>Para revisar los m\u00f3dulos disponibles, se puede ejecutar el comando &#8220;<em>module avail&#8221;, l<\/em>uego, se puede elegir el m\u00f3dulo a cargar con &#8220;<em>module load &#8230;&#8221;. <\/em>Recuerda que si deseas que tu script utilice los m\u00f3dulos cargados, debes incluir este comando en el archivo de configuraci\u00f3n del job, o bien cargar el m\u00f3dulo en la consola y utilizar el comando de PBS <em>&#8220;#PBS -V&#8221;<\/em>.<\/p><p>Si requieren de alguna librer\u00eda que no se encuentre disponible, pueden solicitarla al equipo de Geryon 2 o bien compilarla a nivel local en su usuario. Adem\u00e1s, para versiones distintas de python a las disponibles, se recomienda utilizar miniconda.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-bcaa11f e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"bcaa11f\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-770bc9c elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"770bc9c\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h2>Modo interactivo de pruebas<\/h2><div><p>Al enviar un job al sistema de colas, \u00e9ste se ejecuta de manera autom\u00e1tica y sin intervenci\u00f3n del usuario. Sin embargo, en ocasiones es dif\u00edcil encontrar la raz\u00f3n de la falla, se quiere probar un script o simplemente practicar con los comandos de PBS. Para estos casos, se puede inicializar una consola interactiva, en que se reservan los recursos en el cl\u00faster, pero el usuario puede ingresar comandos en la medida que el job progresa.<\/p><p>Esta herramienta est\u00e1 destinada \u00fanicamente para pruebas, por lo que no se admite un walltime de uso mayor a 1 hora por job. Su uso indebido puede llegar a ser sansionado.<\/p><p>Para ejecutar una consola interactiva, bastar\u00eda con el comando:\u00a0<em>qsub -I -l select=2:ppn=5<\/em><\/p><\/div>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-4d4d0d1 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"4d4d0d1\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-6be4ccd elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"6be4ccd\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<h1>Agradecimientos en publicaciones<\/h1>\n<p>Si en alguna de las etapas de sus proyectos utilizaron el poder de c\u00f3mputo de Geryon 2, es <strong>OBLIGATORIO<\/strong> indicar los agradecimientos correspondientes en sus publicaciones o equivalente. En el agradecimiento debe estar indicados los proyectos <em>ANID BASAL FB21000<\/em>, <em>BASAL CATA PFB-06, the Anillo ACT-86, FONDEQUIP AIC-57, y QUIMAL 130008.<\/em><\/p>\n<p>Un ejemplo de esto ser\u00eda:<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-385c92f e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"385c92f\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-fe8b8dd elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"fe8b8dd\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t<p><em> &#8220;The Geryon cluster at the Centro de Astro-Ingenieria UC was extensively used for the<br \/>calculations performed in this paper. ANID BASAL project FB21000<\/em>, <em>BASAL CATA PFB-06, the Anillo ACT-86,<br \/>FONDEQUIP AIC-57, and QUIMAL 130008 provided funding for several improvements<br \/>to the Geryon cluster.&#8221;<\/em><\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7c91bd1 e-flex e-con-boxed e-con e-parent\" data-id=\"7c91bd1\" data-element_type=\"container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"e-con-inner\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ad03dcc elementor-widget elementor-widget-html\" data-id=\"ad03dcc\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"html.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<footer class=\"uc-footer\">\r\n  <div class=\"container pb-48\">\r\n    <div class=\"row\">\r\n      <div class=\"col-6 col-lg-4 col-xl-3 pr-40 mb-32\">\r\n        <a href=\"\/\">\r\n          <img decoding=\"async\"\r\n            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